علماي فن در شجره نامه آن حضرت اختلاف نظر دارند، جمعي ايشان را ابراهيم بن موسي بن جعفر دانسته اند. بناي امامزاده ابتدا به سبک چهارطاقي بوده که گنبد زيبايي آن را پوشش مي داده و در سال 1340 شمسي اين بقعه بازسازي شده است. علما در شجره نامه امامزاده سيد ابراهيم اختلاف نظر دارند. 

جمعي امامزاده را ابراهيم بن موسي بن جعفر دانسته‌ اند و جمعي ديگر همانند ابوالفرج اصفهاني و ابونصر بخاري در سرالنساب، او را ابراهيم بن محمد بن عبدالله بن الحسن بن العباسبن علي ذکر نموده‌ اند. 

اگر اين شجره نامه صحيح باشد سيد ابراهيم به اتفاق گوگبي حسين بن اسماعيل بن محمد الارقط بن الباهربن زين العابدين در اوايل قرن سوم هجري در زمان خليفه عباسي قيام نموده و در 3 کيلومتري سمت جنوبي شهر زنجان در جريان جنگي با افراد خليفه شهيد گرديده‌ است. علامه محمد اسماعيل صائني که از فلاسفه و مفسران نامدار قرآن مجيد بوده به نقل از تاريخ طبري درباره امامزاده سيد ابراهيم مدفون و معروف در شهر زنجان گفته که او نوه چهارم حضرت ابوالفضل العباس بن علي بن ابي طالب امام اول شيعيان است و او امامزاده موسوي نيست، بلکه از نسل حضرت عباس مي‌ باشد. 

بناي امامزاده ابتدا به سبک چهارطاقي بوده که گنبد زيبائي آن را پوشش مي‌ نمود، در سال 1340 شمسي اين مجموعه به جهت تبديل به احسنت برداشته شده و مجدداً منطبق بر بناي قديمي نوسازي گرديده‌ است. گنبد از نوع تک پوششي بوده که با واسطه چهار گوشواره بر جرزها استوار گشته و حد فاصل گوشواره‌ ها و گنبد، هشت نور گير تعبيه شده‌ است. تزئينات گنبد از داخل مقرنس و گره سازي بوده و سوره جمعه به خط زيباي ثلث، به قلم استاد جواد مير محمد رضائي زنجاني و گچبري استاد شعبان آزادي زنجاني نوشته شده‌ است. در نماي بيروني، سوره مبارکه (اسماء ذات البروج) به خط ثلث زنجيري نوشته شده‌ است. ضريح حرم که در اصفهان ساخته شده در سال 1358 نصب گرديده است. قديمي‌ ترين قسمت اين آرامگاه، سر در ورودي سمت شمالي و مناره‌ هاي واقع در طرفين آن مي‌ باشد. اين سردر به سال 1341 شمسي توسط معمار ابراهيم سلطاني ساخته شده و بالاي مناره‌ ها آيه 55 سوره مبارکه احزاب به خط زيباي ثلث به قلم استاد اخيرالذکر رقم گرديده‌ است. تجديد بناي اين آرامگاه توسط استاد منصور محاوري، فرزند ملا غلامرضا متولد 1278 شمسي است.