ساختمان اصلى مسجد به سه واحد مختلف تقسيم مى ‌شود که عبارت است از : شبستان اصلى و بزرگ تابستانى، شبستان کوچک تابستانى و محل ديگرى که به محل خرج دادن مسجد موسوم است. در ضلع شمالي مسجد دو در ورودي با سر دري بلند واقع است که يکي از قوس جناغي و مقرنسکاري گچي برخوردار است و در حاشيه سردر از گچبري هاي شبکه اي و تزئينات هندسي ستاره اي شکل استفاده شده و کتينه سنگ مرمري بچشم مي خورد. 

ضلع شمالي مسجد شامل هشت ستون آجري است به صورت جرز با طاقنماهايي که درهاي ورودي و پنجره هاي متعدد آن به سـوي ميدان ملا رستم باز مي شود. هرچند تغييراتي در پنجره مزبور داده شده اما فرم تزئيني آجري خفته راسته روي نما برجاي مانده است. فرم کلي بنا و ترکيب عناصر معماري  آن  بسيار زيبا و از مساجد چوبي  بي نظير  در  منطقه  محسوب  مي گردد. اين مسجد داراى 35 ستون از تنه? درخت سپيدار است که بر روى پايه‌ هاى ساده سنگي چندپهلو استوار شده‌اند و بر فراز آن‌ها سرستون‌هايى زيبا به صورت سه رديف قطار يا مقرنس که از پايين به بالا برحجمش افزوده مى‌ شود، قرار دارد. بر فراز رديف سوم يک صندوق در جهت طولى تيرهاى حمال استوار شده است که روى آن‌‌ ها را با صندوقچه‌اى به شکل مکعب پوشانده‌اند. 

ستونها و سرستون هاي چوبي مقرنس کاري پاي ستون هاي سنگي با تزئينات سنگي، تزئينات و نقاشي هاي نقش گياه و ترنج بر روي صندوق هاي مکعبي و پرده ها با اشعار زيباي فارسي که با دقت و ظرافت خاصي کار شده است از زيبايي_هاي اين مسجد است قابل ذکر است يک ستون مرمري که در ايوان مسجد قرار دارد احتمالا متعلق به بنايي است که پيش از مسجد در اين مکان قرار داشته است. به دليل ضعف هاي حفاظتي از بنا در گذشته نقاشي هاي روي سقف بر اثر باران شسته شده و قسمت هايي از آن نيز در حال تخريب بود که با مرمت به موقع اداره ميراث فرهنگي که بر اساس ضوابط و اصول حفاظت از آثار تاريخي و متناسب با معماري سنتي بنا بوده است از آسيب بيشتر در امان ماند.